Cerca de 95% do DNA consiste em sequências que não desempenham uma função de codificação, o que significa que não são responsáveis, por exemplo, pela cor dos olhos, pela cor da pelagem ou pelo tamanho. A função dessas sequências permanece obscura, mas graças às suas características, principalmente à sua enorme multiformidade (o chamado polimorfismo), elas encontraram aplicações em genética molecular, particularmente no controle de parentesco. Formas individuais de sequências não codificantes são caracterizadas por um número variável de repetições dispostas em tandem, por exemplo, CA ou GAAT. Essas estruturas são chamadas de microssatélites. Por exemplo, uma cadela pode ter 20 repetições em um alelo e 25 no outro. Um cão macho, por outro lado, pode ter 25 e 30, respectivamente. Com base nas leis de Mendel, cada filhote herdará um alelo de seu pai e um de sua mãe. O potencial de herança para um determinado microssatélite é, portanto, o seguinte:
1) 20, 25;
2) 20, 30;
3) 25, 25:
4) 25, 30.
Se a análise revelou que o filhote tinha alelos com números repetidos de 15 e 30, isso poderia indicar uma incompatibilidade na ascendência do filhote. Isso pode ser devido a várias razões: um cão sendo cruzado com uma ninhada, ou acasalamento duplo com touros diferentes (os óvulos são então fertilizados com o esperma de ambos os cães). No entanto, para que um teste genético seja confiável e forneça mais de 99% de certeza, a análise de um único locus não é suficiente. Às vezes, diferenças entre as formas parentais e descendentes podem resultar de alterações espontâneas na codificação do DNA (mutações). No entanto, a probabilidade de uma única mutação ocorrer em uma célula é estimada em 1 em 1.000. Se este indivíduo tivesse uma incompatibilidade em duas sequências, a chance de que isso tenha ocorrido como resultado de uma mutação dupla é menor que 1 em 1.000.000. Portanto, ao analisar 8 a 10 marcadores microssatélites diferentes simultaneamente, a probabilidade de erro é estimada em quase zero.